南瓜子可驱虫、止咳、催乳，其中，以驱虫应用最广，可驱绦虫、蛔虫、蛲虫等寄生虫，一般人群均可食用。南瓜子对寄生虫有麻醉的作用，去皮后炒熟，空腹时食用即可。对于儿童，每天吃30克左右的南瓜子，2—3天就可以达到驱虫效果。

此外，南瓜种子中有一些如同抗氧化剂的类胡萝卜素，对身体也很有益处。