藿香正气水的溶剂是酒精，而且浓度颇高，高达40度。其药效比较迅猛，不适合老年人、孕妇、儿童等体质较弱以及对酒精过敏的人群服用，驾车、高空作业者亦不宜使用。建议刚喝过该药的司机最好过半小时用清水漱口后再驾车。此外，应避免将藿香正气水与头孢类药物同时服用，以免发生致命的双硫仑样反应。